超新星爆發曾被認為是六千五百萬年前恐龍滅絕的原因之一。不過，自20世紀80年代以來，地質學證據似乎一邊倒的支持小行星撞擊的解釋。

　　然而，約翰霍普金斯大學的天文學家納西索·貝尼特斯發現超新星爆發確實導致了兩百萬年前的一次大滅絕。地質學家曾表示，這次發生于上新世和更新世交替階段的災難滅絕了包括浮游生物、軟體動物等在內的海洋生物，并且與同位素鐵-60出現的異常濃度相吻合。雖然兩百萬年前，這次在天蝎—半人馬星協內部爆發的超新星位于130光年外，但其威力足以破壞地球臭氧層，脆弱的物種—比如浮游生物—很可能滅絕。

　　目前，由于氯氟烴和其他人為污染物的排放，臭氧層的作用正被削弱，更多的紫外線到達地球表面，而且已經引起皮膚癌發病率的相應增高。這表明，它引起的任何形式的額外傷害都可能會是出人意料的重大后果。

　　超新星爆發不僅產生高強度輻射，伴隨產生的碎片也相當危險。美國勞倫斯伯克利國家實驗室的理查德·費爾斯通博士稱一萬三千年前猛犸的滅絕就由此導致。“它們會凝結成彗星狀物體，這顆約10公里寬的彗星可能在一萬三千年前撞擊了北美洲。”他說。

　　他發現這些碎片由碳、鈦、釩等元素構成，特別的是發現了高濃度的不穩定同位素鉀-40，這種元素在太陽系并不常見，卻是超新星形成的獨特物質。

　　如果這還不夠的話，一些更微妙的危機也已被發現。歐洲核子研究中心（CERN）的胡安·克勒博士稱超新星爆發后附近的撞擊會產生許多中微子，它們可能直接導致每公斤動物組織內12個細胞癌變。“這足夠殺死史前大滅絕里的任何一種大型動物。”他說。